快递公司重复单号遗失，快递公司需负责。依据《快递暂行条例》，快递丢失应按约定或法律规定赔偿。未及时处理可能导致客户权益受损，影响公司信誉。
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快递公司重复单号遗失，应这样处理：1. 立即联系快递公司，说明情况并要求查询；2. 若确认遗失，根据购物时是否有赔偿约定，要求按约定赔偿；3. 无约定时，依据《快递暂行条例》等法规，与快递公司协商赔偿事宜；4. 协商不成，可准备相关证据，通过法律途径维护权益。
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处理快递公司重复单号遗失，常见方式有协商赔偿或诉诸法律。应先尝试与快递公司协商，依据约定或法规要求赔偿；协商不成时，可考虑通过法律途径解决。