您因工伤引发血栓，单位不承认时，可申请工伤认定。依据《工伤保险条例》，劳动者有权申请工伤认定，单位不配合将影响您的合法权益，如医疗费、赔偿等。
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对单位不承认工伤，常见处理方式有协商、调解、仲裁和诉讼。建议先与单位协商，不成则考虑向劳动部门申请调解或仲裁，必要时提起诉讼。
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单位不认工伤，应这样处理：1.收集证据，如医疗记录、工作证明等；2.向社保部门提交工伤认定申请；3.若单位反对，可申请行政复议或提起行政诉讼；4.同时咨询专业律师，确保权益得到充分保护。