农村宅基地确权遇两户口本两门牌，需明确权属避免纠纷。根据《土地管理法》等，宅基地确权应确保权属清晰，两户口本两门牌可能导致确权混乱，影响合法权益。若不及时处理，可能引发产权纠纷，甚至导致法律诉讼。
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农村宅基地两户口本处理：1.核实两户口本信息，确认宅基地实际使用权人；2.若涉及继承，依据《继承法》明确继承人；3.与村委会、土地管理部门沟通，说明情况，申请确权；4.如存在争议，及时提出异议，通过法律途径解决；5.确保确权过程合法，避免签字确认前产生误解或纠纷。
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处理农村宅基地确权问题，常见方式有协商、调解与诉讼。面对两户口本两门牌，首先尝试与相关部门或邻居协商，寻求共识；协商不成，可申请调解或提起行政诉讼，依据法律法规明确权属。